No eixo da vigilância epidemiológica, o programa é responsável por qualificar e alimentar os bancos de dados do Ministério da Saúde, referentes aos agravos crônicos transmissíveis: HIV/aids, hepatites B e C, sífilis, tuberculose, hanseníase e monkeypox.
Trabalha na construção dos indicadores epidemiológicos municipais e pactuados à nível estadual e nacional. Realiza monitoramento dos casos notificados de sífilis adquirida, sífilis em gestante e congênita, HIV/aids, gestantes com HIV e crianças expostas ao vírus HIV. Articula ações intersetoriais baseadas nas Diretrizes do Ministério da Saúde.
A Certificação da Eliminação da Transmissão Vertical (TV) do HIV é uma estratégia do Ministério da Saúde (MS) para fortalecer a gestão e a rede de atenção do Sistema Único de Saúde (SUS), aprimorando ações de prevenção, diagnóstico, assistência e tratamento das gestantes, parcerias sexuais e crianças, além da qualificação da vigilância epidemiológica e dos sistemas de informação, monitoramento e avaliação contínua das políticas públicas voltadas à eliminação da TV do HIV no Brasil.
Essa estratégia tem o propósito de certificar municípios que tenham atingido os critérios e os indicadores estabelecidos para eliminar a TV do HIV, em conformidade com as diretrizes da Organização Pan-Americana da Saúde (Opas) e da Organização Mundial da Saúde (OMS). Itajaí recebeu a certificação em dezembro de 2022, no mesmo momento recebeu também o Selo de Boas Práticas Rumo à Eliminação da Sífilis Congênita Padrão Ouro, sendo necessária a reavaliação a cada 3 anos para mantê-los.